La plataforma cuenta con un microscopio confocal que permite visualizar estructuras cuya fluorescencia puede derivar de la propia autofluorescencia o de la marcación con moléculas fluorescentes.
El microscopio confocal permite obtener imágenes nítidas, de alta resolución y alto contraste, y generar secciones ópticas para la reconstrucción tridimensional de la muestra. Las muestras pueden ser cortes histológicos, cultivos celulares, y pequeñas muestras enteras como por ejemplo: hojas, embriones, plántulas, semillas.
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